तत्कालिन मध्य पश्चिमांचलका १५ जिल्ला कार्य क्षेत्र रहने गरी २०४२ जेष्ठ १५ मध्य पश्चिमांचल क्षेत्रीय स्वास्थ्य निर्देशनालयको नाममा स्थापना भएकोमा राज्यको शासन व्यवस्था परिवर्तन भई संघीय गणतन्त्र स्थापना पश्चात् सातवटै प्रदेशमा स्वास्थ्य निर्देशनालय कायम भए अनुरुप कर्णाली प्रदेशमा, स्वास्थ्य निर्देशनालयको रुपमा  प्रादेशिक कार्यालयको रुपमा पुन स्थापना भएको र २०७५ आषाढ ३२ को नेपाल सरकारको निर्णयानुसार प्रदेश स्तरमा सामाजिक विकास मन्त्रालय मातहतमा स्वास्थ्य निर्देशनालयको नाममा स्थापना भएकोमा मिति २०७६।६।८ गते स्वास्थ्य सेवा  निर्देशनालयको नामबाट स्थापित रहेको छ । कर्णाली प्रदेशका १० वटा  जिल्ला (हुम्ला,  मुगु,  जुम्ला, डोल्पा, कालिकोट, दैलेख, जाजरकोट, रुकुम पश्चिम, सल्यान र सुर्खेत) कार्य क्षेत्र रहने गरी प्रदेशका २५ वटा नगरपालिका ५४ वटा गाउपालिका गरी ७९ वटा स्थानीय तह का जम्मा ७१८ वटाहरुका करिब १८ लाख जनसंख्यामा संबिधान प्रदत्त गुणस्तरीय आधारभूत स्वास्थ्य सेवा प्रवाह सुनिश्चित गर्नका लागि  प्रदेशभित्र स्वास्थ्य सम्बन्धी गतिविधिहरु सञ्चालन, व्यवस्थापनको लागी सहयोग गर्ने प्रमुख प्राविधिक एवं प्रशासनिक रुपमा  यस निर्देशनालयको महत्वपूर्ण भूभिका रहेको छ ।

        उद्देश्य

• प्रदेश मातहतका स्वास्थ्य संस्थाहरुको नियमन,  गर्ने ।
• प्रदेश मातहतका सम्पुर्ण स्वास्थ्य संस्थाहरुबाट प्रदान गरिएका सेवाहरुको गुणस्तरियता कायम भएको निश्चित गर्ने गराउने ।
• प्रदेश अन्तर्गतका स्वास्थ्य संस्थाहरुद्धारा सेवा प्रदान गर्दा आइ परेका प्रशासनिक, प्राविधिक कठीनाईहरुको व्यवस्थापन गर्न सहयोग गर्ने । 
• औषधि, स्वास्थ्य उपकरणहरुको नियमित आपूर्ति व्यवस्थापनलाई चुस्त दुरुस्त बनाउने, प्रादेशिक वफरस्टकको व्यवस्थापन गर्ने ।
• स्वास्थ्य संस्थाहरुमा रिक्त कर्मचारीहरुको पदपूर्तिको व्यवस्थापन समन्वय गर्ने ।
• स्वास्थ्य सुचना प्रणलीलाई प्रभावकारी बनाउने ।
• प्रदेश स्तरमा स्वास्थ्य सम्बन्धी कृयाकलापहरुको योजना तर्जुमा,   कार्यक्रम कार्यान्वयन, अनुगमन तथा समीक्षा गर्ने गराउने ।
• प्रदेश अन्तरगतका स्थानीय स्वास्थ्य इकाईहरुमा, प्रदेश भित्रका निजि स्वास्थ्य संस्थाहरु, सरोकारवाला अन्य सरकारी र गैर सरकारी संघसंस्थाहरुसगँ समन्वय, सहकार्य गर्ने गराउने ।
• प्राकृतिक प्रकोप, महामारी रोग रोकथाम नियन्त्रण गर्ने गराउने ।